En su Sentencia 988/2026, de 23 de julio de 2026, el Tribunal Supremo ha confirmado que la Agencia Tributaria puede verificar saldos de IVA pendientes de compensación originados en periodos prescritos cuando se arrastran y aplican en un periodo posterior todavía abierto a liquidación. La decisión resulta especialmente relevante para empresas con saldos de IVA a compensar acumulados.
¿Qué ha decidido el Tribunal Supremo?
El litigio afectaba a una sociedad cuyos periodos de IVA correspondientes a los tres primeros trimestres de 2015 habían prescrito. Sin embargo, el saldo generado en ellos se trasladó al cuarto trimestre de 2015, que aún podía ser objeto de liquidación. La entidad sostenía que la prescripción impedía a la AEAT volver a examinar las operaciones de origen: según su tesis, la Administración solo podía comprobar que el saldo se hubiera arrastrado correctamente, pero no revisar su procedencia o cuantía.
El Tribunal Supremo rechaza esta distinción. Considera que un saldo de IVA pendiente de compensación es un crédito fiscal. Cuando dicho crédito influye en el cálculo del IVA de un periodo no prescrito, la AEAT puede comprobar su existencia, origen e importe, aunque ya no pueda practicar una liquidación relativa al periodo en que nació. Esto no significa que el periodo histórico vuelva a abrirse. La Administración no puede exigir una cuota adicional correspondiente a un periodo prescrito. Sí puede, en cambio, reducir o eliminar el crédito histórico cuando este se utiliza para determinar la cantidad a ingresar o devolver en un periodo posterior abierto.
Cuatro años y diez años: dos plazos diferentes
La sentencia subraya una distinción esencial de la Ley General Tributaria. El derecho de la AEAT a determinar una deuda tributaria prescribe, con carácter general, a los cuatro años. No obstante, tras la reforma introducida por la Ley 34/2015, la facultad de comprobar determinadas bases, cuotas, deducciones y créditos fiscales dispone de un horizonte específico de diez años.
Ambos plazos cumplen funciones distintas. El plazo de cuatro años determina si puede liquidarse un periodo concreto. El de diez años delimita la posibilidad de comprobar un crédito histórico que continúa produciendo efectos en un periodo abierto. El Tribunal Supremo aplica expresamente esta separación a los saldos de IVA pendientes de compensación.
Existe, además, otro plazo de cuatro años que no debe confundirse con los anteriores. Conforme a la normativa del IVA, cuando las cuotas soportadas deducibles superan las cuotas devengadas, el exceso puede compensarse en autoliquidaciones posteriores siempre que no hayan transcurrido cuatro años desde la presentación de la autoliquidación en la que se originó. Este es el plazo del contribuyente para utilizar el crédito, no el plazo de la Administración para comprobar su validez.
¿Por qué importa esta sentencia?
El saldo de IVA acumulado a compensar consignado en el modelo 303 no queda acreditado por sí solo porque la declaración de origen sea antigua. Si la AEAT comprueba un periodo posterior, podrá requerir las facturas, libros registro y pruebas empresariales que justifiquen el importe arrastrado.
El riesgo es especialmente relevante para:
- empresas que acumulan créditos de IVA durante fases de construcción, inicio de actividad o inversión;
- sociedades inmobiliarias con elevados costes de reforma o promoción;
- grupos que han cambiado de programa contable; y
- entidades implicadas en fusiones, escisiones, transmisiones de negocios o liquidaciones.
Conclusión
La Sentencia 988/2026 confirma que la prescripción impide liquidar nuevamente un periodo de IVA cerrado, pero no convierte automáticamente en correcto cualquier crédito nacido en él. Para las empresas, la conclusión es clara: un crédito de IVA es tan sólido como la documentación que lo respalda. Conservar y ordenar los antecedentes históricos constituye, por tanto, una medida activa de control fiscal.